ミニフォース研究所のジェレミー博士はものすごい威力のエネルギーを持つ物質「エリニウム」を研究している。 一方、トカゲ軍団の隊長ゼウスは、エリニウムで強力な武器を作り、人間の世界まで脅かす計画でミニフォース研究所を襲撃し、エリニウムを奪ってしまう。 これに対し、エリニウム奪還のために、本部は最精鋭要員で構成されたチームを作ることを決めるが…。 ジェレミー博士の娘アンナと一緒にトカゲ軍団に立ち向かうミニフォース！でもトカゲ軍団の陰謀には想像もできない秘密が隠されていたのに…