動物のお友達が住んでいるブルーベル村を守るために、長年にわたり秘密裏に結成された最強戦士ミニフォース！ それぞれの特別な能力を持つミニフォースは、小さな動物たちを絶えず苦しめる悪党「ナイン」と「パスカル」に対抗し、小さくて力のない動物たちを守っている。ある日、「パスカル」はすべてを複製してしまう宇宙人「ジョディ」を洗脳してミニフォースを攻撃する。 ここに香りを嗅ぐだけで涙が出る花のキゲモンでブルーベル村を全て涙の海にしてしまい、「パスカル」の力でさらに強くなった双子ペンギン泥棒まで登場するが…